Naruto Uzumaki è un ninja dodicenne del Villaggio della Foglia con il sogno di diventare Hokage, il ninja più importante del villaggio. Naruto ha passato l'infanzia nell'emarginazione e, durante uno scontro con Mizuki, un traditore, viene a scoprirne il motivo: dentro di lui è sigillata la Volpe, il più forte dei nove cercoteri.
Il Regno di Fiore è un paese neutrale di diciassette milioni di abitanti: in questa nazione la magia. Di tutta la popolazione però solo una minima parte è specializzata nel suo uso e sono coloro che vengono chiamati maghi.
Ippo Makunōchi è un liceale molto timido e riservato che a causa del lavoro a cui deve far fronte vista la morte del padre, non ha mai il tempo per crearsi degli amici. Ippo è continuamente vittima di un gruppo di bulli della scuola, ma un giorno mentre subisce l'ennesimo pestaggio viene fortunatamente salvato da Takamura, un pugile professionista.
Al palazzo che si trova nel Santuario rivolto verso i 12 Templi, la dea Atena osserva un neonato, Kouga. In quello stesso istante, però un’enorme oscurità prende vita e si propaga impetuosamente.
La storia ruota attorno a una vivace liceale di nome Marika che, quando non impegnata con il suo lavoro part-time in un caffè retrò di alta classe, ama trascorrere il suo tempo libero nello Yacht Club Spaziale. Ma, a turbare la quotidianità della ragazza, un giorno arrivano due uomini che affermano di essere subalterni del suo defunto padre e le chiedono di assumere il comando della nave spaziale pirata Benten Maru!